重組蛋白/VLP疫苗制備過程與一般的重組蛋白制劑相似。但由于表達的蛋白一般是重組表面抗原，因此大多情況下會自動形成VLP（eg：9價HPV疫苗）或某種聚合體（eg：RSV疫苗）。在純化最后階段，要注意去除單體和成型不佳的VLP。
值得一提的是，由于有些VLP的顆粒度較大，在形成過程中較易包裹雜質，這樣的VLP顆粒會給人體帶來副反應。所以需要在純化前期抑制VLP生成，待純度較高時通過換液等方式促使VLP生成，或者將前期形成的VLP顆粒去除。
需要注意的是，離子交換層析在吸附時可能破壞VLP結構，造成VLP解體。因此在設計抗原結構時應注意表面電荷作用。
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